بعد غزو العراق أعلن عن مقتله في البصرة في أبريل/نيسان 2003، ثم تبين عدم صدق هذه الرواية، إذ ألقت القوات الأميركية القبض عليه في سامراء يوم 21 أغسطس/آب 2003، وكان خامس المطلوبين في القائمة الأميركية المعروفة بـ"ورق اللعب". اتهمت السلطات القضائية العراقية علي المجيد بقصف مدينة حلبجة الكردية بأسلحة كيميائية عام 1988 فيما يعرف بقضية "الأنفال". علي حسن المجيد. وتذكر المصادر الكردية أن 182 ألف كردي قضوا في عامي 1987 و1988 نتيجة القصف الذي قامت به حكومة صدام حسين بإشراف من علي حسن المجيد، وتذكر مصادر غير كردية أن عدد القتلى كان خمسة آلاف مدني. وأدين علي المجيد -أيضا- بقمع المشتركين في أحداث الجنوب العراقي التي كانت في شهر مارس/آذار 1991. وفي 24 يونيو/حزيران 2007 صدر حكم في قضية "الأنفال" من المحكمة الجنائية العراقية الخاصة بإعدامه شنقا، كما صدر حكم آخر بإعدامه في ديسمبر/كانون الأول 2008 بعد إدانته بقمع مظاهرات للشيعة إثر حرب الخليج عام 1991، وأدين في مارس/آذار 2009 بقتل وتشريد بعض الشيعة عام 1999. الوفاة أعدم علي حسن المجيد يوم 25 يناير/كانون الثاني 2010.
الڤيديو الي ما ينمل منه 😂. # الرئيس_صدام_حسين_المجيد 34. 1M views #الرئيس_صدام_حسين_المجيد Hashtag Videos on TikTok #الرئيس_صدام_حسين_المجيد | 34. 1M people have watched this. Watch short videos about #الرئيس_صدام_حسين_المجيد on TikTok. See all videos
ويقول احد شهود تلك الحادثة لصيحفة التايمز البريطانية ان مجموعة من القوات الخاصة العراقية بلاشتراك مع افراد من عشيرة البوناصر بدأت باطلاق سيل من الرصاص على المنزل الذي تحصن فيه حسين كامل وصدام كامل بقيادة علي حسن المجيد وبعد معركة دامت 13 ساعة وصل علي حسن المجيد الى جثة حسين كامل ووضع قدمه على رقبته مطلقاً رصاصة الموت في رأس حسين كامل. ورغم تولي علي حسن المجيد وزارة الدفاع لفترة وجيزة عاد الرئيس العراقي صدام حسين للاعتماد على ابن عمه في عام 1998 حينما تم تعيينه قائداً عسكرياً لمنطقة الجنوب وكان هذا كفيلاً بان يكون المجيد مشرفاً مباشراً على تنفيذ اوامر اعدام اصدرها بنفسه وكان قد اشرف بنفسه على اطفاء عدد من حالات التمرد التي نشأت اثر مقتل اية الله محمد صادق الصدر مع اثنين من اخوته في مدينة النجف. كان علي حسن المجيد مايزال المستشار الامين للرئيس العراقي صدام حسين وتم منحه عام 2002 مهمة سياسية اكثر من كونها ميدانية حينما كلف بحمل رسائل من الرئيس العراقي صدام حسين الى عدد من القادة العرب لشرح موقف العراق في اول مهمة خارجية له منذ العام 1988 حيث سافر المجيد الى الجزائر لتسليم رسالة الى الرئيس الجزائري عبد العزيز بوتفليقة في الوقت الذي اجتاح فيه غضب عالمي بقيادة مجموعات الدفاع عن حقوق الانسان على قيام المسؤولين العرب باستقباله.