93 «القلوب المتصلة» "كايوياو كوكورو" (通い合う心) حصرية 22 يناير 2009 بينما يتدرب ناروتو مع ضفادع جيرايا على استخدام الماء يكتشف أنهم بأنفسهم لا يستطيعون إستخدامه، بينما تقرر غورين التخلص من جميع النينجا من إختيار كابوتو ولا تترك منهم إلا النينجا رينجي وتابعوه الثلاثة ويتضح أنها تستعمل عنصر البلور ويصل إليها الفريق الثامن ويحاول شينو وضع حشرة عليها لتعقبها لكنها تغمر الحشرة بالبلور وتقتلها ويقرر فريق الثامن إرسال الحشرة إلى تسونادي لتحللها وتعرف ماهية تلك المهارة. 94 «ليلة ممطرة» "أمي هيتويو" (雨一夜) حصرية 29 يناير 2009 بينما ينتظر الفريق الثامن تحليل تسونادي للحشرة، تقرر هذه الأخيرة إرسال فريق دعم لهم وتأمر ياماتو بأن يجمع فريقه ويستعدوا لدعم الفريق الثامن، بينما لا يزال ناروتو يتدرب مع الضفادع على استعمال الجتسو الماء، يظهر فتى يدعى يوكيمارو الذي ينوي أوروتشيمارو إستعماله لمهمته فيأمر كابوتو بأن يعطيه حبات دواء لإيقاظ قواه التي تتسبب له في ٱلالام بالمعدة وعسر في الهضم. 95 «الفاتنان» "فوتاتسو نو أوماموري" (ふたつのお守り) حصرية 5 فبراير 2009 بينما كان ناروتو يستيقظ من نومه لا يجد جيرايا هناك ويرى أنه ترك له رسالة يخبره فيها بأنه لديه بعض الأعمال لذا سيتدرب ناروتو على يد الضفادع، فيقرر أن يرتاح قليلا ويصدف أن كابوتو ويوكيمارو أتوا إلى القرية التي يوجد بها ناروتو فيلتقي ناروتو يوكيمارو ويحصل بينهم سوء تفاهم ويتعاركان ويقرر كابوتو عدم التدخل خشية من أن تنكشف مهمته السرية الموكلة له من طرف أوروتشيمارو لكن يتوقف القتال ويعود ناروتو للتدريب مع الضفادع ويعلموه المهارة في اللحظة الأخيرة وينضم لفريقه.
يتمحور هذا الموسم حول ظهور وحش آخر "ذو الثلاثة ذيول" وهو سلحفاة عملاقة تعيش في الماء ويسعى أوروتشيمارو إلى الوصول إليه قبل الأكاتسكي بينما تكتشف كونوها الأمر بواسطة فريقيها التاسع والسابع اللذان كانا في الأصل يطاردان أوروتشيمارو لإعادته لكونوها أو القضاء عليه ويكتشفان أن أوروتشيمارو يتعقب ذي الثلاثة ذيول بمساعديه يوكيمارو وغورين التي تستعمل فن الكريستال للقتال وتدور بينهم معارك للإمساك بهذا الوحش قبل الأكاتسكي وتنتصر فرق كونوها وتختم الوحش بضاية ماء لكن يتدخل عضوا الأكاتسكي توبي وديدرا ويتجاوزانهم ويتمكنان من الإمساك بالسلحفاة ذي الثلاثة ذيول ويختمانها ويأخذانها إلى مقر الأكاتسكي.
تجمع فريق 11 من الورق المخفية! » "دايبينتشي! كونوها نو جويتشي نين زِنين شوغو" (大ピンチ! 木の葉の11人全員集合) حصرية 16 أغسطس 2006 لم تُنتَج [8] 198 غير معلوم «الأنبو يستسلم؟ ذكرى ناروتو» "أنبو مو تياغي، ناروتو نو كيوكو" (暗部もお手上げ ナルトの記憶) حصرية 23 أغسطس 2006 لم تُنتَج [8] 199 غير معلوم «الهدف المفقود» "ماتوهازوري، ميتيكيتا هيوتيكي" (的外れ 見えてきた標的) حصرية 30 أغسطس 2006 لم تُنتَج [8] 200 غير معلوم «المساعد القوي» "غِنيكي باريباري، سايكيو نو سوكِتُّو" (現役バリバリ 最強の助っ人) حصرية 13 سبتمبر 2006 لم تُنتَج [8] 201 غير معلوم «فخاخ متعددة! العد التنازلي للتدمير» "تاجو تورابُّو، هوكاي نو كاونتوداون" (多重トラップ 崩壊のカウントダウン) حصرية 20 سبتمبر 2006 لم تُنتَج [9] حلقة مستقلة 202 غير معلوم «أعلى 5 معارك للنينجا» "هونجيتسو هابِّيو! ناروتو شيبودن الموسم 5.1. "نينجاتاتشي نو أسي تو ناميدا نو ميشوبو بِستو 5! أوتانوشيمي نو بانغاي هِن مواروتِّبايو" سوبِشارو" (本日発表! 「忍者たちの汗と涙の名勝負ベスト5!