كما تم تحديده فى عهد السلطان حسن سنة 1359م 3. الأصلاحات التى تمت بالمسجد أهم أعمال الاصلاح والتجديد التي نفذت بجامع الحاكم بأمر الله هي التي قام بها السيد عمر مكرم نقيب الاشراف سنة 1808،فقد جدد اربعة اروقه بالايوان الشرقي وجعلها مسجدا للصلاة ،وكسا القبلة بالرخام ووضع بجوارها منبرا. وفي سنة 1927 قامت لجنة حفظ الآثار العربية باصلاح اكتاف النصف الغربي من الرواق الجنوبي وعقوده ، واعادت بناء المجاز القاطع لايوان القبله ، كما نزعت كسوة الرخام التي وضعها السيد عمر مكرم على القبلة فظهر المحراب القديم. وجامع الحاكم بصورته الحالية من التجديد يرجع الى أعمال الاصلاح والتجديد التي قامت بها طائفة البهرة الهندية في الثمانينات. في سنة 1881 تم انشاء متحف الفن الاسلامي (دار الآثار العربية) في الرواق الشرقي لجامع الحاكم. وفي سنة 1883 تم بناء مبنى من دورين في صحن الجامع ليكون مقرا للمتحف.. ثم تحول المبنى الى مدرسة السلحدار الابتدائية بعد نقل المتحف الى مبناه الحالي في باب الخلق. مكانة الجامع بداخل الدولة الفاطمية مرّ على الجامع الكثير من الأحداث التي غيّرت من وضعه داخل أروقة الدولة الفاطمية، بدايتها كانت مع تعليمات من الخليفة "الحاكم بأمر الله" بإقرار التدريس في الجامع، والسماح لعلماء الأزهر بالتدريس واللتحاق به، وبذلك القرار أصبح " الجامعة الرابعة فى مصر" بعد جامع عمرو بن العاص وجامع أحمد بن طولون وجامع الأزهر.
واشتهر الحاكم باستسهاله سفك الدماء، وقدر بعض المؤرخين عدد قتلاه بحوالي ثمانية عشر ألف قتيل، فكان يفتك دائمًا بوزرائه، ويقتلهم شر قتلة، فيعين أحدهم في منصبه ثم يقتله، ويعين آخر، فلا تمضي فترة بسيطة إلا والمعين الجديد يتخبط في دمه، وقد قتل من العلماء والكتاب ووجهاء الناس ما لا يُحصى عدده. ولقد تحير العلماء في مواقف الحاكم بأمر الله، واختلفت كلمتهم حول الحكم عليه، حيث رفعه قوم إلى درجة الألوهية، وهم الدروز. واعتقد فيه قوم أنه إمام المسلمين، وخليفة رب العالمين، وهم الإسماعيلية الفاطميون. وذهب أكثر المؤرخين إلى أنه كان شاذ الطباع، مريض العقل، يأتي بأعمال تُضحك الثكلى تدل على الجنون. ولكن بالنظر إلى مدة حكمه، حيث حكم من سنة 386 إلى سنة 411 هـ، يظهر أن الاعتذار عنه بأنه كان مجنونًا؛ كلام لا يُلتفت إليه؛ لأنه من المحال أن يبقى في الحكم شخص مجنون مدة تصل إلى خمس وعشرين سنة. بل كان سلوك الحاكم بأمر الله على تلك الصور يرجع إلى تأثير فكرة الألوهية، وأن كل ما صدر عنه من أعمال وأقوال إنما كان بدافع واحد، وهو تأليهه، خصوصًا أنه تولى الحكم وهو صغير السن، وقد أحيط بهالة من التعظيم مما أسبغته العقيدة الإسماعيلية على أئمتها، فكان يطمح إلى أكثر من الملك.
أما المجاز القاطع في منطقة القبلة وفكرة القباب الثلاث فقد وجدا من قبل في الجامع الأزهر (بُني عام 361 هـ 972 م). وقد تعرض المبنى للخراب منذ القرن 9 هـ / 15 م، وجعله الفرنسيون حصناً لهم أيام حملتهم على مصر (1213 – 1216 هـ / 1798 - 1801 م) واستعملوا مئذنتيه للمراقبة. بعد ذلك، احتله الزجاجون والنساجون وأقاموا ورشهم فيه. وقد أجري ترميم متكامل للمبنى في نهاية القرن 20 م. راعي البناء: الخليفة العزيز بالله (حكم في الفترة 365 – 386 هـ / 975 – 996 م)، ومن بعده ابنه الخليفة الحاكم بأمر الله (حكم في الفترة 386 – 411 هـ / 996 – 1021 م). View Short Description كان يقع هذا الجامع، عند إنشائه، خارج أسوار القاهرة الأولى التي أقامها جوهر الصقلي (قائد جيش المعز لدين الله الفاطمي)، إلا أنه أُدخل في نطاق المدينة عند بناء أسوار القاهرة الحجرية، على يدي الوزير بدر الجمالي، في عهد الخليفة المستنصر، عام 480 هـ/ 1086 م. وتمتزج فيه عناصر معمارية وزخرفية مستوحاة من بعض مساجد شمال أفريقيا والأندلس (جامع المهدية في تونس، وجامع قرطبة في الأندلس)، وجامعي ابن طولون والأزهر في مصر. طريقة تأريخ المبنى: أرّخ المبنى بناءً على النقش الكتابي في كتلة المدخل الذي يشير إلى أعمال الخليفة الحاكم بأمر الله عام 390 هـ / 1000م.
موقف الحاكم بأمر الله من شعبه وخاصةً النساء: منع شعبه من ارتداء القباقيب لأن أصواتها تزعجه ، فأصبح الشعب يسير حافياً ، كما أمر بتحشم المرأة فحرم علي النساء الخروج من البيت ليلاً و نهاراً ، والنظر من النوافذ ، وحرم صناعة النعال للنساء حتي لا يغادرن بيوتهن ، ومن كانت تعصي أمره من النساء ، كان عقابها الموت ؛ كذلك كان عقاب جميع من في الدولة سواء أقربائه أو رجال من الدولة. موقف الحاكم بأمر الله من الزروع والحيوانات: حرم الملوخية بإعتبارها أكلة ملوكية لا يأكلها إلا الملوك ، وقتل كل من أكلها أو زرعها. ويقال أيضاً أنه حرم الملوخية لأن معاوية بن سفيان كان يحبها ، في حال أن معاوية من ألد أعداء ملوك الدولة الفاطمية بسبب المذهب الشيعي ، كما منع أكل الجرجير والترمس وأم الخلول وحرم زراعة العنب وصب العسل في النيل ، وأمر بقتل الكلاب والخنازير ، ومنع ذبح الأبقار إلا في العيد الأضحي. العادة التي قضت علي الحاكم بأمر الله: اعتاد الحاكم بأمر الله أن يقضي ليله يجوب الشوارع ، وأن يصعد إلى منزله في جبل المقطم ليجلس بمفرده بدون حرسه الخاص أو أي نوع من أنواع الزينة يخلو بنفسه،وفي يوم خرج كعادته بمفرده ، ولكن لم يعد من بعدها ، واختفي الحاكم في هذه الليلة ، وبحث حراسه عنه في كل مكان فلم يجدوا إلا حماره وكان مصاب بسيف في رجله ، أما الحاكم بأمر الله فقد وجدوا ملابسه مليئة بالدماء في بركة "القصب "،يُقال أن أخت الحاكم بأمر الله "ست الملك " هي من دست له رجالاً ليقتلوه
اهناك فى التاريخ شخصيات نقف عندها ونتأمل أفعالها وأقوالها ولا نستطيع أن نجد أو نفسر أسباب هذه الأفعال والأقوال لأنها تكون خارج المنطق وخارج حسابات العقل. من هذه الشخصيات المحيرة والمثيرة للجدل وستبقى على مر العصور هى شخصية ذلك الرجل الذى حكم أمة كبيرة وهو فى الحادية عشر من عمره. وكان الخليفة السادس فى الدولة الفاطمية بعد وفاة ابيه العزيز بالله الفاطمي. إنه المنصور بن العزيز بالله بن المعز لدين الله الفاطمي. أبو علي. "الحاكم بأمر الله" سادس ملوك الدولة الفاطمية. ويكنى أيضا بأبي علي وذلك بعد ميلاد إبنه علي والذى تولى الحكم بعده وتلقب بالظاهر لإعزاز دين الله وتبرأ من كل ماكان من أبيه ولغى كل قراراته الغريبة. ولد الحاكم بأمر بالله بالقاهرة عام 985 ميلادية وتوفي عام 1021 وكانت وفاته من أهم الظواهر المحيرة فى سيرته حتى الأن. تولى الحكم وهو فى الحادية عشرة من عمره فى عام 996 وتوفي وهو فى السادسة والثلاثين فى عام 1021 وكانت فترة حكمه خمسة وعشرون عاما. ويعتبر البعض أن الحاكم كان آخر الخلفاء الفاطميين الأقوياء. اتسمت فترة حكمه بالتوتر، فقد كان على خلاف مع العباسيين. وكان من نتائج هذا التوتر في العلاقات أن قامت الخلافة العباسية بإصدار مرسوم شهير في عام 1011 مفاده أن الحاكم بأمر الله ليس من سلالة علي بن أبي طالب.
همّ عزام -وهو باحث في التاريخ- بالخروج للصلاة في مسجد آخر، معربا عن "خشيته من أن صلاة بهذا المكان، ستكون مليئة بالبدع الشيعية"، بتعبيره، لكنه سرعان ما اكتشف أن شعائر الصلاة لا تختلف أبدا عن صلاته في مساجد مصر الأخرى. يرجح عزام أن تكون حالة الغموض التي انتابته أثناء دخوله إلى الصحن، بسبب ما يعلمه "مما أحاط بحياة ونهاية صاحب المسجد من غموض وغرابة". ويعد المسجد قبلة لمحبي الآثار الإسلامية خاصة في رمضان، حيث تمثل ساحته الفسيحة أمام بابه الرئيس مكانا ملائما لتجمع الأسر لتناول الإفطار وأحيانا تمتد الجلسات للسحور، فيما الأطفال والصبيان يلهون في الساحة، ويلتقطون الصور الرائعة، في طقوس ربما تنافسه فيه مساجد تاريخية أخرى مثل جامع عمرو بن العاص الذي يتمتع بنفس ميزة وجود ساحة فسيحة خارجه. والجامع رغم ارتباطه بطائفة البهرة، فإنه مفتوح لجميع الطوائف للصلاة فيه، وخاصة في شهر رمضان، حيث يتميز المسجد بصلاة القيام 20 ركعة، خلافا لمعظم مساجد القاهرة التي تؤدى بها الصلاة 8 ركعات فقط. ويحرص بعض أبناء طائفة الدروز مِن البلدان العربية المجاورة على زيارة الجامع أثناء وجودهم في مصر للتبرُّك والصلاة، ذلك أن المكان وصاحبه مقدس بالنسبة لعدد من الطوائف.
الجدير بالذكر أن طائفة النصيرية والدروز الموجودة حاليًا ما زالت تؤله الحاكم الفاطمي وهم أشد كفرًا من اليهود والنصارى وأشد عداوة منهما للمسلمين، واليهود يعتمدون على الدروز في كثير من العمليات القذرة، ولا يسمح لأي عربي "إسرائيلي" أن ينضم للجيش اليهودي إلا الدروز لشدة عداوتهم للمسلمين.